En el 2016, Pliego fue marginada de los juegos olímpicos debido a que el Laboratorio Antidopaje de Conade encontró un resultado positivo por la sustancia modafilino, sin embargo, esa misma muestra de la esgrimista fue analizada en el laboratorio de Colonia, Alemana, en el que no se detectaron sustancias prohibidas, por lo que fue exonerada.
Desde ahí comenzó una disputa ante una muy cuestionada administración de la Conade por truncar la legítima oportunidad de Paola por disputar Río 2016.
Paola Pliego publicó un comunicado en el que anunció que la 10ª Sala del Tribunal Superior de Justicia de la Ciudad de México, confirmó el fallo a su favor en el caso contra la Comisión Nacional de Cultura Física y Deporte, a la que demandó en el 2018 por daño moral. Es así, que esta rectificación de sentencia obliga a la Conade a pagarle 15 millones de pesos por el “daño moral y psíquico” que le causó por el falso positivo que le impidió participar en los Juegos Olímpicos de Río 2016.
"Después de las complicaciones que he enfrentado para competir y representar a México, y no obstante la falta de apoyo y sensibilidad de la Comisión Nacional del Deporte para reconocer el daño que me fue ocasionado al ser víctima de un falso positivo para evitar que compitiera en los Juegos Olímpicos de Río de Janeiro 2016, en la plaza que conseguí para mi y para el equipo nacional, el pasado viernes 23 de abril, la 10a Sala del Tribunal Superior de Justicia de la Ciudad de México, confirmó la sentencia definitiva, en que se reconoció nuevamente el daño que me causaron", escribió la deportista que dejó el país para para representar a Uzbekistán a causa de lo mismo.
Cabe destacar que fue en febrero de 2020 cuando la revista Proceso publicó que el juez decimocuarto de lo Civil, Francisco René Ramírez Rodríguez, sentenció a la Comisión a indemnizar con 15 millones de pesos a Pliego Lara. Asimismo, el juez absolvió a la Federación Mexicana de Esgrima debido a que "la demandante no pudo acreditar que esta organización le causó el daño psíquico y moral" y al Comité Olímpico Mexicano, pues determinó que éste no participó “en los hechos ilícitos”. Conade recurrió a una apelación que no procedió, por lo que la sentencia se confirmó y la esgrimista espera el pago de la cifra que la autoridad mexicana determinó.