Xochimilco tiene 6 de las 36 colonias con mayor tasa de contagios activos por cada 100 000 habitantes en toda la Ciudad de México y hasta ahora suman 458 fallecimientos en la demarcación, de acuerdo con estadísticas de las autoridades sanitarias locales.
En esta alcaldía se encuentra la colonia San José Zacatepec, que muestra una tasa de casos activos de 1 084.4 casos por cada 100 000 habitantes, la más alta de toda la CDMX.
Otras colonias bajo atención prioritaria son San Gregorio Atlapulco, que registra una tasa de 172.8 casos por cada 100 000 habitantes; Santa María Nativitas con 126.1, San Lucas Xochimanca con 111.6, Santa Cruz Acalpixca con 88.8 y Santiago Tepalcatlalpan con una tasa de 83.4 casos.
De acuerdo con las autoridades locales, la alcaldía posee tasas de casos activos entre 14 y 26 veces más altas que las de la Ciudad de México (72.2) y el resto del país (39.2).